Научная работа в Перервинской духовной семинарии развивается по нескольким значимым направлениям, в целом в русле реализации задач, поставленных Учебным комитетом Русской Православной Церкви. В первую очередь, речь идёт об улучшении работы кафедр, систематизации их научно-методической и научно-исследовательской деятельности; консолидации усилий профессорско-преподавательской корпорации и привлечении студентов семинарии к обсуждению значимых научно-богословских проблем; развитии межвузовского и сетевого сотрудничества в рамках научных, научно-богословских мероприятий, конференций и общественных форумов; улучшении качества письменных работ студентов семинарии, а также улучшении качества научных материалов, публикуемых на страницах периодического издания ПДС – «Труды Перервинской духовной семинарии». Традиционно главный научный форум Перервинской духовной семинарии – Ежегодная церковно-историческая конференция «Платоновские чтения». Кафедра филологии ежегодно организует научное обсуждение актуальных вопросов православной филологии и языкознания в рамках международной филологической конференции имени митрополита Григория (Постникова) (две сессии конференции проходят в декабре и мае). Полное название конференции: Всероссийская научно-практическая школа-конференция с международным участием «ЯЗЫК – ЛИТЕРАТУРА – ПРАВОСЛАВИЕ» имени митрополита Григория (Постникова). Для поддержания и развития студенческой активности в направлении подготовки научных докладов и написания статей в Перервинской духовной семинарии создана и функционирует в формате постоянно действующего семинара научно-богословская рабочая группа. Со стороны профессорско-преподавательской корпорации студентам оказывается научно-богословская и методическая поддержка в подготовке ВКР, написании научных статей и докладов.